L’ENFI est dirigée par un directeur, secondé par un directeur des études, un directeur de la formation militaire et un secrétaire général dont dépendent plusieurs entités.
Aussi, le directeur de la formation militaire (DFM) est nommé par le Chef suprême et Chef d’Etat-major Général des FAR. Cet officier supérieur est chargé de la mise en œuvre et de la coordination de l’enseignement militaire conformément à l’arrêté conjoint du Premier Ministre et du Ministre de l’Agriculture, du Développement Rural et des Eaux et Forêts n°877.01 du 2 juillet 2001.
En application de l’article 35 de la loi 01.00, il a été institué à l’ENFI : (i) un conseil d’établissement au sein duquel des commissions ont été instituées et (ii) une commission scientifique.
Ces deux instances qui ont été mises en place devraient assurer leurs rôles en vue de contribuer au plein épanouissement de l’Etablissement.